O CIES-Iscte tem uma vasta experiência em acolher estudantes de doutoramento, com base numa forte ligação entre o ensino e a investigação. Os estudantes de doutoramento são guiados por investigadores experientes, que fornecem o apoio e supervisão necessários para realizar investigação de qualidade.

No primeiro ano, os alunos frequentam seminários sobre teorias e métodos e unidades curriculares opcionais. Nos restantes anos, preparam a sua tese de doutoramento, realizando investigação no CIES-Iscte. 

As estruturas de apoio do Centro asseguram o acompanhamento necessário, quer na gestão administrativa do percurso formativo dos estudantes, quer nas suas actividades de investigação. Neste contexto, o CIES-Iscte presta ainda apoio aos doutorandos na preparação de candidaturas a bolsas de estudo da Fundação para a Ciência e Tecnologia (FCT), do Iscte e de outras instituições financiadoras.